یکی از مفاهیم محوری در اندیشه امام رابطه دین و سیاست است، به گونه ای که می توان سنگ بنای اساسی اندیشه سیاسی وی را در این موضوع جست و جو کرد. اعتقاد به ضرورت حکومت و دفاع از لزوم وجود نظم سیاسی در جامعه از مباحث پایه ای و بنیادین در اندیشه سیاسی امام خمینی است.
وی از جمله عالمانی بود که به لزوم تأسیس نظام سیاسی در دوران غیبت معتقد بود. وی با ارائه دلایل عقلی و نقلی اثبات کرده که اولاً: اصل وجود حکومت برای جوامع بشری ضروری است. ثانیاً: در هر زمانی از جمله زمان غیبت امام معصوم (ع)، جامعه نیاز به حکومت مطلوب دارد که برای استقرار آن باید تلاش کرد.